Дата создания МБОУ "Лицей № 46" 1 сентября 1992г. Лицей находится в здании, которое введено в эксплуатацию в 1934 году, проектная мощность рассчитана на не более 200 учащихся. До открытия лицея в здании размещались общеобразовательные учреждения: средняя школа №4, семилетняя школа №1, вспомогательная школа №25, Петропавловск–Камчатское педагогическое училище.В годы Великой Отечественной войны (1945 г.) в здании был развернут военный госпиталь.В лицее большое внимание уделяется развитию творческих способностей обучающихся, научно-исследовательской и проектной деятельности.